XDCAM のメーカーである SONY 様では、書き出し先が XDCAM の場合、Adobe Premiere を含むノンリニア編集を行う際には MXF ファイルへ一旦書き出しをしてから、ネットワーク経由で XDCAM へファイル転送を行うワークフローを推奨されているようです。
なお、“XDCAM機器以外のアプリケーションソフトウェアなどで作成し、ファイルコピーされたクリップは編集できないことがあります。” との注意書きもされています。
https://www.sony.jp/xdcam/solution/feature_02.html
したがって XDCAM の VTR 書き出し時における AJA 製品の挙動につきましては、あいにく動作保証しておりませんので、何卒ご了承の程お願いいたします。